1999년 7월 마크로스라고 불리는 외계우주전함이 지구로 낙하했다.
그리고 이 전함이 가진 다양한 오버테크놀로지를 사이에 두고 통합전쟁이라는 세계대전이 발발하게 되었다.

어느덧 통합전쟁 말기인 2008년.
지구 통합군의 전투기 파일럿 쿠도 신은 작전중 적의 3단 가변 발키리 SV-51r에의해 격추당하여 바다 한가운데의 섬, 마얀 섬에 표류하게된다.
쿠도 신은 마얀 섬에서 원주민과 두 소녀를 만나게 되는데 그녀들의 정체는
마얀 섬에서 새인간의 전설을 전승해오고있는 바람의 수호자 '사라 놈'. 그리고 그녀의 여동생 마오 놈.

섬에서 생활하는 평화로운 일상도 잠시, 아무런 예고도 없이 마얀섬에 전쟁의 불길이 번지게 된다.